Vous devez insérer la chaîne index.php? avant les mots post/, pages/, category/ et tag/. Idem pour les abonnements de syndication feed/.

Ainsi, si vous aviez, par exemple, un raccourci vers le billet :
http://blog.liberetonordi.com/post/actu

vous devez le transformer en :
http://blog.liberetonordi.com/index.php?post/actu

(ou bien le recréer).

Par contre les images et documents n'ont pas changé d'emplacement. (Liens comportant le mot public/)